Si les conclusions du médecin agréé et celles du médecin traitant ne vont pas dans le même sens, si le fonctionnaire conteste l'avis défavorable du comité médical, il a la possibilité de faire appel devant le comité médical supérieur dans un délai d'un mois après la notification de l'avis du comité médical.
Avant d'engager tout recours de ce genre, il faut contrôler que la procédure qui a abouti à la décision du comité médical s'est déroulée normalement :
-que l'intéressé(e) a été convoqué(e) et examiné(e) par le médecin spécialiste agréé, informé(e) des conclusions du rapport de l'expert,
-que la date de la réunion du comité médical lui a été communiquée ainsi que la possibilité de faire entendre par le comité médical le médecin de son choix ou de faire envoyer un dossier médical détaillé si un médecin spécialiste n'était pas présent lors de la réunion du comité médical.
Si la procédure n'a pas été respectée pour l'un de ses éléments, il est préférable de demander une nouvelle réunion du comité médical initial précédée d'un examen par un autre expert, avant de faire appel au comité médical supérieur, ce qui suppose des délais très longs d'attente. Il est bien entendu préférable que le médecin traitant qui constitue le dossier soit un médecin spécialiste de l'affection concernée.