En décembre 2003, le Conseil européen avait décidé d'étendre le mandat de l'Observatoire européen des phénomènes racistes et xénophobes, et de faire de cet Observatoire l'Agence des droits fondamentaux de l'Union européenne.Cette agence devient opérationnelle le 1er mars 2007. Son siège de l'Agence demeurera situé à Vienne.
L'Agence aura pour but de fournir aux institutions, organes, organismes et agences compétents de la Communauté, ainsi qu'à ses États membres lorsqu'ils mettent en œuvre le droit communautaire, une assistance et des compétences en matière de droits fondamentaux, afin de les aider à respecter pleinement ces derniers lorsque, dans leurs domaines de compétence respectifs, ils prennent des mesures ou définissent des actions.L'Agence collectera des informations objectives, fiables et comparables sur l'évolution de la situation des droits fondamentaux, analysera ces informations afin de recenser les causes, les conséquences et les effets des violations de ces droits et examinera les exemples de bonnes pratiques pour y remédier. L'Agence aura le droit de formuler des avis à l'intention des institutions de l'Union, ainsi qu'à l'intention des États membres lorsqu'ils mettent en œuvre le droit communautaire, soit de sa propre initiative, soit à la demande du Parlement européen, du Conseil ou de la Commission, sans qu'il y ait d'interférence avec les procédures législatives et juridictionnelles instaurées par le traité. Les institutions devraient cependant pouvoir demander des avis sur leurs propositions législatives ou des positions qu'elles adoptent au cours des procédures législatives pour ce qui concerne leur compatibilité avec les droits fondamentaux.
En outre, l'Agence présentera un rapport annuel sur les questions relatives aux droits fondamentaux relevant de ses domaines d'action, en soulignant également les exemples de bonnes pratiques. En outre, elle produira des rapports thématiques sur des sujets présentant une importance particulière pour les politiques de l'Union.
L'Agence prendra des mesures pour sensibiliser le grand public aux droits fondamentaux, aux possibilités de les faire respecter, ainsi qu'aux différents mécanismes prévus à cet effet et ce, d'une manière générale, sans traiter elle-même de plaintes individuelles.